Pues este error tan feo te puedes encontrar si estás instalando un certificado cliente para autenticación firmado por tu propia CA, si quieres indagar un poquito a que se debe y como buscar soluciones, puedes irte a Microsoft
Pero bueno, yo te digo un pequeño truco aquí para evitarte este problema.
A mi exactamente este error me lo daba cuando el servidor IIS intentaba checkear el "crl" (lista de revocación de certificados) del certificado cliente. Existirán otras formas más y mejores de solventar este problema pero lo que puedes hacer rápidamente es editar la metabase, y en la sección correspondiente a el site al que estás intentando añadir ese certificado cliente para autenticación, añadir la línea:
CertCheckMode="1"
Reinicia el iis y voila ya lo tienes.